El software libre siempre ha estado muy ligado a la universidad y ámbitos académicos. Por este motivo es fácil encontrar mucho software libre dentro del ámbito científico.

Aunque aquí se hará incapie en el software disponible para GNU/Linux muchos de los programas aquí expuestos funcionarán también en otros sistemas operativos.

El proposito de este documento es enseñar las opciones de que disponemos en el mundo del software libre y no su uso. Motivo por el cual en el CD de documentación se incluye la documentación que se utilizó en el curso extraordinario de la Universidad de Salamanca Herramientas en GNU/Linux para estudiantes universitarios que organizaron el Departamento de Informática y Automática de la Universidad de Salamanca, GLiSa y AUGCyL.

La mayoría del software científico que podemos encontrar en GNU/Linux sigue las ideas del mundo UNIX de creaci´n de pequeñas herramientas en línea de comando, muy específicas y potentes. Esto permite la interaccción entre ellas y la posibilidad de creación de interfaces gráficas a gusto de todos.