### R code from vignette source 'adehabitatHS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: adehabitatHS.Rnw:29-37 ################################################### owidth <- getOption("width") options("width"=80) ow <- getOption("warn") options("warn"=-1) .PngNo <- 0 wi <- 480 pt <- 30 reso <- 40 ################################################### ### code chunk number 2: afig (eval = FALSE) ################################################### ## .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", ## .PngNo, ".png", sep="") ## png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) ################################################### ### code chunk number 3: afigi (eval = FALSE) ################################################### ## .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", ## .PngNo, ".png", sep="") ## png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) ################################################### ### code chunk number 4: zfig (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 5: zfigg (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[height=14cm,width=14cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 6: adehabitatHS.Rnw:112-113 ################################################### library(adehabitatHS) ################################################### ### code chunk number 7: adehabitatHS.Rnw:116-117 ################################################### set.seed(13431) ################################################### ### code chunk number 8: strdesI (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0,0,0,0)) ## plot(0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), ty="n") ## polygon(c(0.1, 0.5, 0.5, 0.1, 0.1), ## c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) ## ## polygon(c(0.6, 0.65, 0.65, 0.6, 0.6), ## c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) ## ## polygon(c(0.8, 0.85, 0.85, 0.8, 0.8), ## c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) ## text(0.07, 0.2, "N", font=3) ## text(0.5, 0.83, "P", font=3) ## text(0.3, 0.5, "X", font=2, cex=2) ## text(0.625, 0.5, "a", font=2, cex=2) ## text(0.825, 0.5, "u", font=2, cex=2) ## ################################################### ### code chunk number 9: adehabitatHS.Rnw:212-215 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mar=c(0,0,0,0)) plot(0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), ty="n") polygon(c(0.1, 0.5, 0.5, 0.1, 0.1), c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) polygon(c(0.6, 0.65, 0.65, 0.6, 0.6), c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) polygon(c(0.8, 0.85, 0.85, 0.8, 0.8), c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) text(0.07, 0.2, "N", font=3) text(0.5, 0.83, "P", font=3) text(0.3, 0.5, "X", font=2, cex=2) text(0.625, 0.5, "a", font=2, cex=2) text(0.825, 0.5, "u", font=2, cex=2) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 10: bastrdesII (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0,0,0,0)) ## plot(0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), ty="n") ## polygon(c(0.1, 0.5, 0.5, 0.1, 0.1), ## c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) ## polygon(c(0.55, 0.6, 0.6, 0.55, 0.55), ## c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) ## polygon(c(0.65, 1, 1, 0.65, 0.65), ## c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) ## text(0.07, 0.2, "N", font=3) ## text(0.5, 0.83, "P", font=3) ## text(0.3, 0.5, "X", font=2, cex=2) ## text(0.575, 0.5, "a", font=2, cex=2) ## text(0.825, 0.5, "U", font=2, cex=2) ## text(1, 0.83, "K", font=3) ################################################### ### code chunk number 11: adehabitatHS.Rnw:254-257 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mar=c(0,0,0,0)) plot(0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), ty="n") polygon(c(0.1, 0.5, 0.5, 0.1, 0.1), c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) polygon(c(0.55, 0.6, 0.6, 0.55, 0.55), c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) polygon(c(0.65, 1, 1, 0.65, 0.65), c(0.2, 0.2, 0.8, 0.8, 0.2), col="grey", lwd=2) text(0.07, 0.2, "N", font=3) text(0.5, 0.83, "P", font=3) text(0.3, 0.5, "X", font=2, cex=2) text(0.575, 0.5, "a", font=2, cex=2) text(0.825, 0.5, "U", font=2, cex=2) text(1, 0.83, "K", font=3) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 12: essaidesIII (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0,0,0,0)) ## plot(0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), ty="n") ## polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), ## c(0.1, 0.1, 0.3, 0.3, 0.3), col="grey", lwd=2) ## text(0.2, 0.2, expression(X[k]), font=2, cex=2) ## text(0.07, 0.1, expression(N[k]), font=3) ## ## polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), ## c(0.3, 0.3, 0.5, 0.5, 0.5), col="grey", lwd=2) ## text(0.2, 0.4, "...", font=2, cex=2) ## ## polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), ## c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 0.7), col="grey", lwd=2) ## text(0.2, 0.6, expression(X[3]), font=2, cex=2) ## text(0.07, 0.5, expression(N[3]), font=3) ## ## polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), ## c(0.7, 0.7, 0.85, 0.85, 0.85), col="grey", lwd=2) ## text(0.2, 0.775, expression(X[2]), font=2, cex=2) ## text(0.07, 0.7, expression(N[2]), font=3) ## ## polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), ## c(0.85, 0.85, 0.95, 0.95, 0.95), col="grey", lwd=2) ## text(0.2, 0.9, expression(X[1]), font=2, cex=2) ## text(0.07, 0.85, expression(N[1]), font=3) ## text(0.3, 0.98, "P", font=3) ## ## ## Le vecteur ## polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), ## c(0.1, 0.1, 0.3, 0.3, 0.3), col="grey", lwd=2) ## text(0.52, 0.2, expression(a[k]), font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), ## c(0.3, 0.3, 0.5, 0.5, 0.5), col="grey", lwd=2) ## text(0.52, 0.4, "...", font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), ## c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 0.7), col="grey", lwd=2) ## text(0.52, 0.6, expression(a[3]), font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), ## c(0.7, 0.7, 0.85, 0.85, 0.85), col="grey", lwd=2) ## text(0.52, 0.775, expression(a[2]), font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), ## c(0.85, 0.85, 0.95, 0.95, 0.95), col="grey", lwd=2) ## text(0.52, 0.9, expression(a[1]), font=2, cex=1.5) ## ## ## ## ## Le vecteur ## polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), ## c(0.1, 0.1, 0.3, 0.3, 0.3), col="grey", lwd=2) ## text(0.72, 0.2, expression(u[k]), font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), ## c(0.3, 0.3, 0.5, 0.5, 0.5), col="grey", lwd=2) ## text(0.72, 0.4, "...", font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), ## c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 0.7), col="grey", lwd=2) ## text(0.72, 0.6, expression(u[3]), font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), ## c(0.7, 0.7, 0.85, 0.85, 0.85), col="grey", lwd=2) ## text(0.72, 0.775, expression(u[2]), font=2, cex=1.5) ## ## polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), ## c(0.85, 0.85, 0.95, 0.95, 0.95), col="grey", lwd=2) ## text(0.72, 0.9, expression(u[1]), font=2, cex=1.5) ## ################################################### ### code chunk number 13: adehabitatHS.Rnw:357-360 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mar=c(0,0,0,0)) plot(0,0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), ty="n") polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), c(0.1, 0.1, 0.3, 0.3, 0.3), col="grey", lwd=2) text(0.2, 0.2, expression(X[k]), font=2, cex=2) text(0.07, 0.1, expression(N[k]), font=3) polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), c(0.3, 0.3, 0.5, 0.5, 0.5), col="grey", lwd=2) text(0.2, 0.4, "...", font=2, cex=2) polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 0.7), col="grey", lwd=2) text(0.2, 0.6, expression(X[3]), font=2, cex=2) text(0.07, 0.5, expression(N[3]), font=3) polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), c(0.7, 0.7, 0.85, 0.85, 0.85), col="grey", lwd=2) text(0.2, 0.775, expression(X[2]), font=2, cex=2) text(0.07, 0.7, expression(N[2]), font=3) polygon(c(0.1, 0.3, 0.3, 0.1, 0.1), c(0.85, 0.85, 0.95, 0.95, 0.95), col="grey", lwd=2) text(0.2, 0.9, expression(X[1]), font=2, cex=2) text(0.07, 0.85, expression(N[1]), font=3) text(0.3, 0.98, "P", font=3) ## Le vecteur polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), c(0.1, 0.1, 0.3, 0.3, 0.3), col="grey", lwd=2) text(0.52, 0.2, expression(a[k]), font=2, cex=1.5) polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), c(0.3, 0.3, 0.5, 0.5, 0.5), col="grey", lwd=2) text(0.52, 0.4, "...", font=2, cex=1.5) polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 0.7), col="grey", lwd=2) text(0.52, 0.6, expression(a[3]), font=2, cex=1.5) polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), c(0.7, 0.7, 0.85, 0.85, 0.85), col="grey", lwd=2) text(0.52, 0.775, expression(a[2]), font=2, cex=1.5) polygon(c(0.48, 0.55, 0.55, 0.48, 0.48), c(0.85, 0.85, 0.95, 0.95, 0.95), col="grey", lwd=2) text(0.52, 0.9, expression(a[1]), font=2, cex=1.5) ## Le vecteur polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), c(0.1, 0.1, 0.3, 0.3, 0.3), col="grey", lwd=2) text(0.72, 0.2, expression(u[k]), font=2, cex=1.5) polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), c(0.3, 0.3, 0.5, 0.5, 0.5), col="grey", lwd=2) text(0.72, 0.4, "...", font=2, cex=1.5) polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), c(0.5, 0.5, 0.7, 0.7, 0.7), col="grey", lwd=2) text(0.72, 0.6, expression(u[3]), font=2, cex=1.5) polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), c(0.7, 0.7, 0.85, 0.85, 0.85), col="grey", lwd=2) text(0.72, 0.775, expression(u[2]), font=2, cex=1.5) polygon(c(0.68, 0.75, 0.75, 0.68, 0.68), c(0.85, 0.85, 0.95, 0.95, 0.95), col="grey", lwd=2) text(0.72, 0.9, expression(u[1]), font=2, cex=1.5) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 14: ploniche (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(321) ## par(mar=c(0,0,0,0)) ## plot(0,0, xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), ty="n") ## arrows(0,0, 0, 0.9, lwd=2) ## arrows(0,0, -0.9, -0.5, lwd=2) ## arrows(0,0, 0.9, -0.5, lwd=2) ## points(data.frame(rnorm(500,sd=0.25), rnorm(500, sd=0.25)), ## pch=21, bg="grey") ## points(data.frame(rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1), ## rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1)), ## pch=21, bg="red", cex=2) ## text(0,0.96, expression(V[3]), cex=1.5) ## text(-0.96, -0.5, expression(V[1]), cex=1.5) ## text(0.96, -0.5, expression(V[2]), cex=1.5) ## ################################################### ### code chunk number 15: adehabitatHS.Rnw:416-419 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) set.seed(321) par(mar=c(0,0,0,0)) plot(0,0, xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), ty="n") arrows(0,0, 0, 0.9, lwd=2) arrows(0,0, -0.9, -0.5, lwd=2) arrows(0,0, 0.9, -0.5, lwd=2) points(data.frame(rnorm(500,sd=0.25), rnorm(500, sd=0.25)), pch=21, bg="grey") points(data.frame(rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1), rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1)), pch=21, bg="red", cex=2) text(0,0.96, expression(V[3]), cex=1.5) text(-0.96, -0.5, expression(V[1]), cex=1.5) text(0.96, -0.5, expression(V[2]), cex=1.5) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 16: adehabitatHS.Rnw:583-585 ################################################### data(bauges) names(bauges) ################################################### ### code chunk number 17: fig1 (eval = FALSE) ################################################### ## map <- bauges$map ## mimage(map) ################################################### ### code chunk number 18: adehabitatHS.Rnw:596-597 (eval = FALSE) ################################################### ## map <- bauges$map ## mimage(map) ################################################### ### code chunk number 19: adehabitatHS.Rnw:601-604 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) map <- bauges$map mimage(map) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 20: fig2 (eval = FALSE) ################################################### ## image(map) ## locs <- bauges$locs ## points(locs, pch=3) ################################################### ### code chunk number 21: adehabitatHS.Rnw:621-622 (eval = FALSE) ################################################### ## image(map) ## locs <- bauges$locs ## points(locs, pch=3) ################################################### ### code chunk number 22: adehabitatHS.Rnw:626-629 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) image(map) locs <- bauges$locs points(locs, pch=3) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 23: adehabitatHS.Rnw:640-641 ################################################### cp <- count.points(locs, map) ################################################### ### code chunk number 24: adehabitatHS.Rnw:648-650 ################################################### tab <- slot(map, "data") pr <- slot(cp, "data")[,1] ################################################### ### code chunk number 25: fig3 (eval = FALSE) ################################################### ## histniche(tab, pr) ################################################### ### code chunk number 26: adehabitatHS.Rnw:669-670 (eval = FALSE) ################################################### ## histniche(tab, pr) ################################################### ### code chunk number 27: adehabitatHS.Rnw:674-677 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) histniche(tab, pr) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 28: adehabitatHS.Rnw:693-694 ################################################### args(gnesfa) ################################################### ### code chunk number 29: adehabitatHS.Rnw:750-751 ################################################### pc <- dudi.pca(tab, scannf=FALSE) ################################################### ### code chunk number 30: adehabitatHS.Rnw:779-780 ################################################### gn <- gnesfa(pc, Focus = pr, scan=FALSE, nfFirst=1, nfLast=1) ################################################### ### code chunk number 31: fig5 (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(gn$eig) ################################################### ### code chunk number 32: adehabitatHS.Rnw:804-807 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) barplot(gn$eig) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 33: fig6 (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(1/gn$eig) ################################################### ### code chunk number 34: adehabitatHS.Rnw:821-824 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) barplot(1/gn$eig) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 35: adehabitatHS.Rnw:833-834 ################################################### gn ################################################### ### code chunk number 36: fig7 (eval = FALSE) ################################################### ## scatterniche(gn$li, pr, pts=TRUE) ################################################### ### code chunk number 37: adehabitatHS.Rnw:845-846 (eval = FALSE) ################################################### ## scatterniche(gn$li, pr, pts=TRUE) ################################################### ### code chunk number 38: adehabitatHS.Rnw:850-853 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) scatterniche(gn$li, pr, pts=TRUE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 39: adehabitatHS.Rnw:884-885 ################################################### gn2 <- gnesfa(pc, Reference = pr, scan=FALSE, nfFirst=2, nfLast=0) ################################################### ### code chunk number 40: fig8 (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(gn2$eig) ################################################### ### code chunk number 41: adehabitatHS.Rnw:893-896 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) barplot(gn2$eig) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 42: fig9 (eval = FALSE) ################################################### ## scatterniche(gn2$li, pr) ################################################### ### code chunk number 43: adehabitatHS.Rnw:909-910 (eval = FALSE) ################################################### ## scatterniche(gn2$li, pr) ################################################### ### code chunk number 44: adehabitatHS.Rnw:914-917 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) scatterniche(gn2$li, pr) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 45: fig10 (eval = FALSE) ################################################### ## s.arrow(gn2$co) ################################################### ### code chunk number 46: adehabitatHS.Rnw:932-933 (eval = FALSE) ################################################### ## s.arrow(gn2$co) ################################################### ### code chunk number 47: adehabitatHS.Rnw:937-940 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) s.arrow(gn2$co) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 48: fig11 (eval = FALSE) ################################################### ## s.arrow(gn2$cor) ################################################### ### code chunk number 49: adehabitatHS.Rnw:958-959 (eval = FALSE) ################################################### ## s.arrow(gn2$cor) ################################################### ### code chunk number 50: adehabitatHS.Rnw:963-966 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) s.arrow(gn2$cor) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 51: adehabitatHS.Rnw:998-999 ################################################### (mad <- madifa(pc, pr, scan=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 52: adehabitatHS.Rnw:1005-1007 ################################################### mad$eig gn2$eig ################################################### ### code chunk number 53: adehabitatHS.Rnw:1015-1016 ################################################### pt <- 12 ################################################### ### code chunk number 54: fig14 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(mad, map) ################################################### ### code chunk number 55: adehabitatHS.Rnw:1023-1024 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(mad, map) ################################################### ### code chunk number 56: adehabitatHS.Rnw:1028-1031 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) plot(mad, map) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 57: adehabitatHS.Rnw:1035-1036 ################################################### pt <- 20 ################################################### ### code chunk number 58: fig16 (eval = FALSE) ################################################### ## MD <- mahasuhab(map, locs) ## image(MD) ################################################### ### code chunk number 59: adehabitatHS.Rnw:1083-1084 (eval = FALSE) ################################################### ## MD <- mahasuhab(map, locs) ## image(MD) ################################################### ### code chunk number 60: adehabitatHS.Rnw:1088-1091 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) MD <- mahasuhab(map, locs) image(MD) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 61: figRMD (eval = FALSE) ################################################### ## RMD1 <- data.frame(RMD1=mad$li[,1]^2) ## coordinates(RMD1) <- coordinates(map) ## gridded(RMD1) <- TRUE ## image(RMD1) ################################################### ### code chunk number 62: adehabitatHS.Rnw:1115-1116 (eval = FALSE) ################################################### ## RMD1 <- data.frame(RMD1=mad$li[,1]^2) ## coordinates(RMD1) <- coordinates(map) ## gridded(RMD1) <- TRUE ## image(RMD1) ################################################### ### code chunk number 63: adehabitatHS.Rnw:1120-1123 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) RMD1 <- data.frame(RMD1=mad$li[,1]^2) coordinates(RMD1) <- coordinates(map) gridded(RMD1) <- TRUE image(RMD1) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 64: figRMD2 (eval = FALSE) ################################################### ## RMD2 <- data.frame(RMD2 = apply(mad$li[,1:2], 1, function(x) sum(x^2))) ## coordinates(RMD2) <- coordinates(map) ## gridded(RMD2) <- TRUE ## image(RMD2) ################################################### ### code chunk number 65: adehabitatHS.Rnw:1138-1139 (eval = FALSE) ################################################### ## RMD2 <- data.frame(RMD2 = apply(mad$li[,1:2], 1, function(x) sum(x^2))) ## coordinates(RMD2) <- coordinates(map) ## gridded(RMD2) <- TRUE ## image(RMD2) ################################################### ### code chunk number 66: adehabitatHS.Rnw:1143-1146 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) RMD2 <- data.frame(RMD2 = apply(mad$li[,1:2], 1, function(x) sum(x^2))) coordinates(RMD2) <- coordinates(map) gridded(RMD2) <- TRUE image(RMD2) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 67: adehabitatHS.Rnw:1189-1193 ################################################### en1 <- enfa(pc, pr, scan=FALSE) gn3 <- gnesfa(pc, Reference=pr, scan=FALSE, centering="twice") en1$s gn3$eig ################################################### ### code chunk number 68: baploenfa (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(en1$s) ################################################### ### code chunk number 69: adehabitatHS.Rnw:1202-1203 (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(en1$s) ################################################### ### code chunk number 70: adehabitatHS.Rnw:1207-1210 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) barplot(en1$s) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 71: scattenfa (eval = FALSE) ################################################### ## scatter(en1) ################################################### ### code chunk number 72: adehabitatHS.Rnw:1233-1234 (eval = FALSE) ################################################### ## scatter(en1) ################################################### ### code chunk number 73: adehabitatHS.Rnw:1238-1241 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) scatter(en1) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 74: plotenmad (eval = FALSE) ################################################### ## plot(mad$li[,1], en1$li[,1], xlab="First axis of the MADIFA", ## ylab="Marginality axis") ################################################### ### code chunk number 75: adehabitatHS.Rnw:1272-1273 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(mad$li[,1], en1$li[,1], xlab="First axis of the MADIFA", ## ylab="Marginality axis") ################################################### ### code chunk number 76: adehabitatHS.Rnw:1277-1280 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) plot(mad$li[,1], en1$li[,1], xlab="First axis of the MADIFA", ylab="Marginality axis") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 77: adehabitatHS.Rnw:1364-1365 ################################################### dun <- dunnfa(pc, pr, scann=FALSE) ################################################### ### code chunk number 78: bpdun (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(dun$eig) ################################################### ### code chunk number 79: adehabitatHS.Rnw:1374-1375 (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(dun$eig) ################################################### ### code chunk number 80: adehabitatHS.Rnw:1379-1382 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) barplot(dun$eig) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 81: hindun (eval = FALSE) ################################################### ## histniche(data.frame(dun$liA[,1]), pr, main="First Axis") ################################################### ### code chunk number 82: adehabitatHS.Rnw:1394-1395 (eval = FALSE) ################################################### ## histniche(data.frame(dun$liA[,1]), pr, main="First Axis") ################################################### ### code chunk number 83: adehabitatHS.Rnw:1399-1402 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) histniche(data.frame(dun$liA[,1]), pr, main="First Axis") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 84: scordun (eval = FALSE) ################################################### ## s.arrow(dun$cor) ################################################### ### code chunk number 85: adehabitatHS.Rnw:1421-1422 (eval = FALSE) ################################################### ## s.arrow(dun$cor) ################################################### ### code chunk number 86: adehabitatHS.Rnw:1426-1429 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) s.arrow(dun$cor) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 87: figdunmad (eval = FALSE) ################################################### ## plot(dun$liA[,1], mad$li[,1], xlab="DUNNFA 1", ylab="MADIFA 1") ################################################### ### code chunk number 88: adehabitatHS.Rnw:1442-1443 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(dun$liA[,1], mad$li[,1], xlab="DUNNFA 1", ylab="MADIFA 1") ################################################### ### code chunk number 89: adehabitatHS.Rnw:1447-1450 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) plot(dun$liA[,1], mad$li[,1], xlab="DUNNFA 1", ylab="MADIFA 1") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 90: adehabitatHS.Rnw:1489-1492 ################################################### elev <- map[,1] av <- factor(cut(slot(elev, "data")[,1], 4), labels=c("Low","Medium","High","Very High")) ################################################### ### code chunk number 91: adehabitatHS.Rnw:1497-1498 ################################################### (tav <- table(av)) ################################################### ### code chunk number 92: cartelev (eval = FALSE) ################################################### ## slot(elev, "data")[,1] <- as.numeric(av) ## image(elev) ################################################### ### code chunk number 93: adehabitatHS.Rnw:1508-1509 (eval = FALSE) ################################################### ## slot(elev, "data")[,1] <- as.numeric(av) ## image(elev) ################################################### ### code chunk number 94: adehabitatHS.Rnw:1513-1516 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) slot(elev, "data")[,1] <- as.numeric(av) image(elev) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 95: adehabitatHS.Rnw:1524-1528 ################################################### us <- join(locs, elev) tus <- table(us) names(tus) <- names(tav) tus ################################################### ### code chunk number 96: adehabitatHS.Rnw:1555-1559 ################################################### class(tus) <- NULL tav <- tav/sum(tav) class(tav) <- NULL (Wi <- widesI(tus, tav)) ################################################### ### code chunk number 97: adehabitatHS.Rnw:1568-1569 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(Wi) ################################################### ### code chunk number 98: adehabitatHS.Rnw:1589-1592 ################################################### dis <- acm.disjonctif(slot(elev, "data")) pc2 <- dudi.pca(dis, scan=FALSE) gnf <- gnesfa(pc2, pr, scan=FALSE) ################################################### ### code chunk number 99: adehabitatHS.Rnw:1603-1605 ################################################### sum(gnf$eig) sum(Wi$wi) ################################################### ### code chunk number 100: figs (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(321) ## par(mar=c(0,0,0,0)) ## plot(0,0, xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), ty="n", axes=FALSE) ## arrows(0,0, 0, 0.9, lwd=2) ## arrows(0,0, -0.9, -0.5, lwd=2) ## arrows(0,0, 0.9, -0.5, lwd=2) ## points(data.frame(rnorm(500,sd=0.25), rnorm(500, sd=0.25)), ## pch=16, col="grey") ## points(data.frame(rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1), ## rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1)), ## pch=21, bg="red", cex=2) ## points(data.frame(rnorm(50, mean=0, sd=0.1), ## rnorm(50, mean=0.4, sd=0.1)), ## pch=21, bg="green", cex=2) ## points(data.frame(rnorm(50, mean=-0.3, sd=0.1), ## rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1)), ## pch=21, bg="blue", cex=2) ## text(0,0.96, expression(V[3]), cex=1.5) ## text(-0.96, -0.5, expression(V[1]), cex=1.5) ## text(0.96, -0.5, expression(V[2]), cex=1.5) ## arrows(0,0,0.3,0.3, lwd=4) ## arrows(0,0,0,0.4, lwd=4) ## arrows(0,0,-0.3,0.3, lwd=4) ## arrows(0,0,0.3,0.3, lwd=2, col="pink") ## arrows(0,0,0,0.4, lwd=2, col="lightgreen") ## arrows(0,0,-0.3,0.3, lwd=2, col="lightblue") ## ################################################### ### code chunk number 101: adehabitatHS.Rnw:1661-1664 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) set.seed(321) par(mar=c(0,0,0,0)) plot(0,0, xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), ty="n", axes=FALSE) arrows(0,0, 0, 0.9, lwd=2) arrows(0,0, -0.9, -0.5, lwd=2) arrows(0,0, 0.9, -0.5, lwd=2) points(data.frame(rnorm(500,sd=0.25), rnorm(500, sd=0.25)), pch=16, col="grey") points(data.frame(rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1), rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1)), pch=21, bg="red", cex=2) points(data.frame(rnorm(50, mean=0, sd=0.1), rnorm(50, mean=0.4, sd=0.1)), pch=21, bg="green", cex=2) points(data.frame(rnorm(50, mean=-0.3, sd=0.1), rnorm(50, mean=0.3, sd=0.1)), pch=21, bg="blue", cex=2) text(0,0.96, expression(V[3]), cex=1.5) text(-0.96, -0.5, expression(V[1]), cex=1.5) text(0.96, -0.5, expression(V[2]), cex=1.5) arrows(0,0,0.3,0.3, lwd=4) arrows(0,0,0,0.4, lwd=4) arrows(0,0,-0.3,0.3, lwd=4) arrows(0,0,0.3,0.3, lwd=2, col="pink") arrows(0,0,0,0.4, lwd=2, col="lightgreen") arrows(0,0,-0.3,0.3, lwd=2, col="lightblue") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 102: adehabitatHS.Rnw:1697-1699 ################################################### data(puech) names(puech) ################################################### ### code chunk number 103: imdes2 (eval = FALSE) ################################################### ## maps <- puech$maps ## mimage(maps) ################################################### ### code chunk number 104: adehabitatHS.Rnw:1710-1711 (eval = FALSE) ################################################### ## maps <- puech$maps ## mimage(maps) ################################################### ### code chunk number 105: adehabitatHS.Rnw:1715-1718 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) maps <- puech$maps mimage(maps) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 106: ploloc (eval = FALSE) ################################################### ## locs <- puech$relocations ## image(maps) ## points(locs, col=as.numeric(slot(locs, "data")[,1]), pch=16) ################################################### ### code chunk number 107: adehabitatHS.Rnw:1731-1732 (eval = FALSE) ################################################### ## locs <- puech$relocations ## image(maps) ## points(locs, col=as.numeric(slot(locs, "data")[,1]), pch=16) ################################################### ### code chunk number 108: adehabitatHS.Rnw:1737-1740 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) locs <- puech$relocations image(maps) points(locs, col=as.numeric(slot(locs, "data")[,1]), pch=16) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 109: cplocs (eval = FALSE) ################################################### ## cp <- count.points(locs, maps) ## mimage(cp) ################################################### ### code chunk number 110: adehabitatHS.Rnw:1753-1754 (eval = FALSE) ################################################### ## cp <- count.points(locs, maps) ## mimage(cp) ################################################### ### code chunk number 111: adehabitatHS.Rnw:1758-1761 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) cp <- count.points(locs, maps) mimage(cp) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 112: adehabitatHS.Rnw:1768-1770 ################################################### X <- slot(maps, "data") U <- slot(cp, "data") ################################################### ### code chunk number 113: adehabitatHS.Rnw:1808-1809 ################################################### pc <- dudi.pca(X, scannf=FALSE) ################################################### ### code chunk number 114: adehabitatHS.Rnw:1814-1815 ################################################### (ni <- niche(pc, U, scannf=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 115: plotnichee (eval = FALSE) ################################################### ## plot(ni) ################################################### ### code chunk number 116: adehabitatHS.Rnw:1824-1825 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(ni) ################################################### ### code chunk number 117: adehabitatHS.Rnw:1829-1832 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) plot(ni) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 118: adehabitatHS.Rnw:1843-1844 ################################################### ni$eig[1]/sum(ni$eig) ################################################### ### code chunk number 119: adehabitatHS.Rnw:1852-1853 ################################################### ni$eig[2]/sum(ni$eig) ################################################### ### code chunk number 120: cartaxeniche (eval = FALSE) ################################################### ## ls <- ni$ls ## coordinates(ls) <- coordinates(maps) ## gridded(ls) <- TRUE ## mimage(ls) ################################################### ### code chunk number 121: adehabitatHS.Rnw:1910-1911 (eval = FALSE) ################################################### ## ls <- ni$ls ## coordinates(ls) <- coordinates(maps) ## gridded(ls) <- TRUE ## mimage(ls) ################################################### ### code chunk number 122: adehabitatHS.Rnw:1915-1918 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) ls <- ni$ls coordinates(ls) <- coordinates(maps) gridded(ls) <- TRUE mimage(ls) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 123: figokcanomi (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) ## xx <- cbind(rnorm(1000), rnorm(1000, sd=0.3)) ## plot(xx, asp=1, bg="grey", pch=21, axes=FALSE) ## xx1 <- cbind(rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) ## xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=-0.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) ## xx3 <- cbind(rnorm(100, mean=0.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) ## xx4 <- cbind(rnorm(100, mean=1.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) ## points(xx1, pch=21, bg="red", cex=1.5) ## points(xx2, pch=21, bg="yellow", cex=1.5) ## points(xx3, pch=21, bg="green", cex=1.5) ## points(xx4, pch=21, bg="blue", cex=1.5) ## arrows(0,0,-1.5, 0.2, lwd=5) ## arrows(0,0,-1.5, 0.2, lwd=3, col="red") ## arrows(0,0,-0.5, 0.5, lwd=5) ## arrows(0,0,-0.5, 0.5, lwd=3, col="yellow") ## arrows(0,0,0.5, 0.5, lwd=5) ## arrows(0,0,0.5, 0.5, lwd=3, col="green") ## arrows(0,0,1.5, 0.2, lwd=5) ## arrows(0,0,1.5, 0.2, lwd=3, col="blue") ## box() ## abline(v=0, h=0) ## ################################################### ### code chunk number 124: adehabitatHS.Rnw:2019-2022 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) xx <- cbind(rnorm(1000), rnorm(1000, sd=0.3)) plot(xx, asp=1, bg="grey", pch=21, axes=FALSE) xx1 <- cbind(rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=-0.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) xx3 <- cbind(rnorm(100, mean=0.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) xx4 <- cbind(rnorm(100, mean=1.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) points(xx1, pch=21, bg="red", cex=1.5) points(xx2, pch=21, bg="yellow", cex=1.5) points(xx3, pch=21, bg="green", cex=1.5) points(xx4, pch=21, bg="blue", cex=1.5) arrows(0,0,-1.5, 0.2, lwd=5) arrows(0,0,-1.5, 0.2, lwd=3, col="red") arrows(0,0,-0.5, 0.5, lwd=5) arrows(0,0,-0.5, 0.5, lwd=3, col="yellow") arrows(0,0,0.5, 0.5, lwd=5) arrows(0,0,0.5, 0.5, lwd=3, col="green") arrows(0,0,1.5, 0.2, lwd=5) arrows(0,0,1.5, 0.2, lwd=3, col="blue") box() abline(v=0, h=0) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 125: canom (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) ## plot(xx[,1]*0.3, xx[,2], asp=1, bg="grey", pch=21, axes=FALSE) ## xx1 <- cbind(rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) ## xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=-0.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) ## xx3 <- cbind(rnorm(100, mean=0.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) ## xx4 <- cbind(rnorm(100, mean=1.5, sd=0.15), ## rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) ## points(xx1[,1]*0.3, xx1[,2], pch=21, bg="red", cex=1.5) ## points(xx2[,1]*0.3, xx2[,2], pch=21, bg="yellow", cex=1.5) ## points(xx3[,1]*0.3, xx3[,2], pch=21, bg="green", cex=1.5) ## points(xx4[,1]*0.3, xx4[,2], pch=21, bg="blue", cex=1.5) ## arrows(0,0,-1.5*0.3, 0.2, lwd=5) ## arrows(0,0,-1.5*0.3, 0.2, lwd=3, col="red") ## arrows(0,0,-0.5*0.3, 0.5, lwd=5) ## arrows(0,0,-0.5*0.3, 0.5, lwd=3, col="yellow") ## arrows(0,0,0.5*0.3, 0.5, lwd=5) ## arrows(0,0,0.5*0.3, 0.5, lwd=3, col="green") ## arrows(0,0,1.5*0.3, 0.2, lwd=5) ## arrows(0,0,1.5*0.3, 0.2, lwd=3, col="blue") ## box() ## abline(v=0, h=0) ################################################### ### code chunk number 126: adehabitatHS.Rnw:2085-2088 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) plot(xx[,1]*0.3, xx[,2], asp=1, bg="grey", pch=21, axes=FALSE) xx1 <- cbind(rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=-0.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) xx3 <- cbind(rnorm(100, mean=0.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.5, sd=0.05)) xx4 <- cbind(rnorm(100, mean=1.5, sd=0.15), rnorm(100, mean=0.2, sd=0.05)) points(xx1[,1]*0.3, xx1[,2], pch=21, bg="red", cex=1.5) points(xx2[,1]*0.3, xx2[,2], pch=21, bg="yellow", cex=1.5) points(xx3[,1]*0.3, xx3[,2], pch=21, bg="green", cex=1.5) points(xx4[,1]*0.3, xx4[,2], pch=21, bg="blue", cex=1.5) arrows(0,0,-1.5*0.3, 0.2, lwd=5) arrows(0,0,-1.5*0.3, 0.2, lwd=3, col="red") arrows(0,0,-0.5*0.3, 0.5, lwd=5) arrows(0,0,-0.5*0.3, 0.5, lwd=3, col="yellow") arrows(0,0,0.5*0.3, 0.5, lwd=5) arrows(0,0,0.5*0.3, 0.5, lwd=3, col="green") arrows(0,0,1.5*0.3, 0.2, lwd=5) arrows(0,0,1.5*0.3, 0.2, lwd=3, col="blue") box() abline(v=0, h=0) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 127: adehabitatHS.Rnw:2105-2106 ################################################### com <- canomi(pc, U, scannf=FALSE) ################################################### ### code chunk number 128: plotcan (eval = FALSE) ################################################### ## plot(com) ################################################### ### code chunk number 129: adehabitatHS.Rnw:2115-2116 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(com) ################################################### ### code chunk number 130: adehabitatHS.Rnw:2120-2123 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) plot(com) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 131: adehabitatHS.Rnw:2144-2146 ################################################### pt <- 8 wi <- 900 ################################################### ### code chunk number 132: plocompcomni (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,1)) ## plot(ni$ls[,1], com$ls[,1], ## xlab="Scores on the first axis of the OMI", ## ylab="Scores on the first axis of the can. OMI") ## plot(ni$ls[,2], com$ls[,2], ## xlab="Scores on the first axis of the OMI", ## ylab="Scores on the first axis of the can. OMI") ################################################### ### code chunk number 133: adehabitatHS.Rnw:2159-2160 (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,1)) ## plot(ni$ls[,1], com$ls[,1], ## xlab="Scores on the first axis of the OMI", ## ylab="Scores on the first axis of the can. OMI") ## plot(ni$ls[,2], com$ls[,2], ## xlab="Scores on the first axis of the OMI", ## ylab="Scores on the first axis of the can. OMI") ################################################### ### code chunk number 134: adehabitatHS.Rnw:2164-2167 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mfrow=c(2,1)) plot(ni$ls[,1], com$ls[,1], xlab="Scores on the first axis of the OMI", ylab="Scores on the first axis of the can. OMI") plot(ni$ls[,2], com$ls[,2], xlab="Scores on the first axis of the OMI", ylab="Scores on the first axis of the can. OMI") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 135: adehabitatHS.Rnw:2171-2173 ################################################### pt <- 20 wi <- 480 ################################################### ### code chunk number 136: adehabitatHS.Rnw:2193-2198 ################################################### slope <- maps[,8] sl <- slot(slope, "data")[,1] av <- factor(cut(sl, c(-0.1, 2, 5, 12, 50)), labels=c("Low","Medium","High","Very High")) ################################################### ### code chunk number 137: adehabitatHS.Rnw:2203-2204 ################################################### (tav <- table(av)) ################################################### ### code chunk number 138: carteslope (eval = FALSE) ################################################### ## slot(slope, "data")[,1] <- as.numeric(av) ## image(slope) ################################################### ### code chunk number 139: adehabitatHS.Rnw:2214-2215 (eval = FALSE) ################################################### ## slot(slope, "data")[,1] <- as.numeric(av) ## image(slope) ################################################### ### code chunk number 140: adehabitatHS.Rnw:2219-2222 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) slot(slope, "data")[,1] <- as.numeric(av) image(slope) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 141: adehabitatHS.Rnw:2230-2236 ################################################### us <- join(locs, slope) tus <- table(slot(locs,"data")[,1],us) class(tus) <- NULL tus <- as.data.frame(tus) colnames(tus) <- names(tav) tus ################################################### ### code chunk number 142: adehabitatHS.Rnw:2245-2249 ################################################### tav2 <- matrix(rep(tav, nrow(tus)), nrow=nrow(tus), byrow=TRUE) colnames(tav2) <- names(tav) compana(tus, tav2, test = "randomisation", rnv = 0.01, nrep = 500, alpha = 0.1) ################################################### ### code chunk number 143: adehabitatHS.Rnw:2265-2268 ################################################### tav <- as.vector(tav) names(tav) <- names(tus) (WiII <- widesII(tus, tav)) ################################################### ### code chunk number 144: adehabitatHS.Rnw:2309-2310 ################################################### (eis <- eisera(tus,tav2, scannf=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 145: ploteiser (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(eis$eig) ################################################### ### code chunk number 146: adehabitatHS.Rnw:2320-2321 (eval = FALSE) ################################################### ## barplot(eis$eig) ################################################### ### code chunk number 147: adehabitatHS.Rnw:2325-2328 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) barplot(eis$eig) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 148: scateis (eval = FALSE) ################################################### ## scatter(eis) ################################################### ### code chunk number 149: adehabitatHS.Rnw:2338-2339 (eval = FALSE) ################################################### ## scatter(eis) ################################################### ### code chunk number 150: adehabitatHS.Rnw:2343-2346 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) scatter(eis) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 151: adehabitatHS.Rnw:2365-2367 ################################################### avdis <- acm.disjonctif(data.frame(av)) head(avdis) ################################################### ### code chunk number 152: adehabitatHS.Rnw:2372-2374 ################################################### pc <- dudi.pca(avdis, scannf=FALSE) com2 <- canomi(pc, U, scannf=FALSE) ################################################### ### code chunk number 153: adehabitatHS.Rnw:2380-2381 ################################################### eis$eig/com2$eig ################################################### ### code chunk number 154: adehabitatHS.Rnw:2391-2392 ################################################### eis$li[,1]/com2$li[,1] ################################################### ### code chunk number 155: plotnidesIII (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) ## ## set.seed(2351) ## plot(1,1, asp=1, bg="grey", pch=21, axes=FALSE, ty="n", ## xlim=c(-3.5,3.5), ylim=c(-3.5,3.5)) ## xx1 <- cbind(rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.25), ## rnorm(100, mean=1.5, sd=0.25)) ## points(xx1, bg="grey", col="blue", pch=21) ## set.seed(2) ## xx1b <- cbind(rnorm(20, mean=-1.3, sd=0.1), ## rnorm(20, mean=1.8, sd=0.1)) ## points(xx1b, bg="blue", col="black", pch=21, cex=1.5) ## arrows(-1.5, 1.5, -1.3, 1.8, lwd=5, length=0.1, angle=20) ## arrows(-1.5, 1.5, -1.3, 1.8, lwd=3, col="red", length=0.1, angle=20) ## ## ## set.seed(240) ## xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=1.5, sd=0.25), ## rnorm(100, mean=1.5, sd=0.25)) ## points(xx2, bg="grey", col="green", pch=21) ## set.seed(2488) ## xx2b <- cbind(rnorm(20, mean=1.7, sd=0.1), ## rnorm(20, mean=1.8, sd=0.1)) ## points(xx2b, bg="green", col="black", pch=21, cex=1.5) ## arrows(1.5, 1.5, 1.7, 1.8, lwd=5, length=0.1, angle=20) ## arrows(1.5, 1.5, 1.7, 1.8, lwd=3, col="red", length=0.1, angle=20) ## ## ## set.seed(240987) ## xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=0, sd=0.25), ## rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.25)) ## points(xx2, bg="grey", col="orange", pch=21) ## set.seed(2488980) ## xx2b <- cbind(rnorm(20, mean=0.3, sd=0.1), ## rnorm(20, mean=-1.6, sd=0.1)) ## points(xx2b, bg="orange", col="black", pch=21, cex=1.5) ## arrows(0, -1.5, 0.3, -1.6, lwd=5, length=0.1, angle=20) ## arrows(0, -1.5, 0.3, -1.6, lwd=3, col="red", length=0.1, angle=20) ## ## arrows(0,0,0,3) ## arrows(0,0,-sqrt(4.5),-sqrt(4.5)) ## arrows(0,0,sqrt(4.5),-sqrt(4.5)) ## ## text(0,3.2, "V3") ## text(-sqrt(4.5)-0.2,-sqrt(4.5)-0.2, "V1") ## text(sqrt(4.5)+0.2,-sqrt(4.5)-0.2, "V2") ## ################################################### ### code chunk number 156: adehabitatHS.Rnw:2460-2463 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=reso) par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) set.seed(2351) plot(1,1, asp=1, bg="grey", pch=21, axes=FALSE, ty="n", xlim=c(-3.5,3.5), ylim=c(-3.5,3.5)) xx1 <- cbind(rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.25), rnorm(100, mean=1.5, sd=0.25)) points(xx1, bg="grey", col="blue", pch=21) set.seed(2) xx1b <- cbind(rnorm(20, mean=-1.3, sd=0.1), rnorm(20, mean=1.8, sd=0.1)) points(xx1b, bg="blue", col="black", pch=21, cex=1.5) arrows(-1.5, 1.5, -1.3, 1.8, lwd=5, length=0.1, angle=20) arrows(-1.5, 1.5, -1.3, 1.8, lwd=3, col="red", length=0.1, angle=20) set.seed(240) xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=1.5, sd=0.25), rnorm(100, mean=1.5, sd=0.25)) points(xx2, bg="grey", col="green", pch=21) set.seed(2488) xx2b <- cbind(rnorm(20, mean=1.7, sd=0.1), rnorm(20, mean=1.8, sd=0.1)) points(xx2b, bg="green", col="black", pch=21, cex=1.5) arrows(1.5, 1.5, 1.7, 1.8, lwd=5, length=0.1, angle=20) arrows(1.5, 1.5, 1.7, 1.8, lwd=3, col="red", length=0.1, angle=20) set.seed(240987) xx2 <- cbind(rnorm(100, mean=0, sd=0.25), rnorm(100, mean=-1.5, sd=0.25)) points(xx2, bg="grey", col="orange", pch=21) set.seed(2488980) xx2b <- cbind(rnorm(20, mean=0.3, sd=0.1), rnorm(20, mean=-1.6, sd=0.1)) points(xx2b, bg="orange", col="black", pch=21, cex=1.5) arrows(0, -1.5, 0.3, -1.6, lwd=5, length=0.1, angle=20) arrows(0, -1.5, 0.3, -1.6, lwd=3, col="red", length=0.1, angle=20) arrows(0,0,0,3) arrows(0,0,-sqrt(4.5),-sqrt(4.5)) arrows(0,0,sqrt(4.5),-sqrt(4.5)) text(0,3.2, "V3") text(-sqrt(4.5)-0.2,-sqrt(4.5)-0.2, "V1") text(sqrt(4.5)+0.2,-sqrt(4.5)-0.2, "V2") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 157: pplomcp (eval = FALSE) ################################################### ## pcc <- mcp(locs) ## image(maps) ## plot(pcc, col=rainbow(6), add=TRUE) ################################################### ### code chunk number 158: adehabitatHS.Rnw:2485-2486 (eval = FALSE) ################################################### ## pcc <- mcp(locs) ## image(maps) ## plot(pcc, col=rainbow(6), add=TRUE) ################################################### ### code chunk number 159: adehabitatHS.Rnw:2490-2493 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt, res=20) pcc <- mcp(locs) image(maps) plot(pcc, col=rainbow(6), add=TRUE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 160: plohr (eval = FALSE) ################################################### ## hr <- do.call("data.frame", lapply(1:nrow(pcc), function(i) { ## over(maps,geometry(pcc[i,])) ## })) ## names(hr) <- slot(pcc, "data")[,1] ## coordinates(hr) <- coordinates(maps) ## gridded(hr) <- TRUE ## mimage(hr) ################################################### ### code chunk number 161: adehabitatHS.Rnw:2509-2510 (eval = FALSE) ################################################### ## hr <- do.call("data.frame", lapply(1:nrow(pcc), function(i) { ## over(maps,geometry(pcc[i,])) ## })) ## names(hr) <- slot(pcc, "data")[,1] ## coordinates(hr) <- coordinates(maps) ## gridded(hr) <- TRUE ## mimage(hr) ################################################### ### code chunk number 162: adehabitatHS.Rnw:2514-2517 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; 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