### R code from vignette source 'adehabitatLT.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: adehabitatLT.Rnw:29-36 ################################################### owidth <- getOption("width") options("width"=80) ow <- getOption("warn") options("warn"=-1) .PngNo <- 0 wi <- 600 pt <- 15 ################################################### ### code chunk number 2: afig (eval = FALSE) ################################################### ## .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", ## .PngNo, ".png", sep="") ## png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) ################################################### ### code chunk number 3: zfig (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 4: zfigg (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[height=14cm,width=14cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 5: adehabitatLT.Rnw:105-106 ################################################### library(adehabitatLT) ################################################### ### code chunk number 6: adehabitatLT.Rnw:109-111 ################################################### suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) set.seed(13431) ################################################### ### code chunk number 7: ploltraj (eval = FALSE) ################################################### ## par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) ## plot(c(0,1), c(0,1), ty="n", axes=FALSE) ## x <- c(0.2, 0.3, 0.5, 0.7, 0.4) ## y <- c(0.5, 0.3, 0.35, 0.6, 0.9) ## points(x,y, pch=16, cex=2) ## points(x[1],y[1], pch=16, col="green") ## lines(x,y, lty=1) ## arrows(0.4, 0.9, 0.1, 0.8, lty=2, length=0.1) ## lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.6), lwd=6) ## lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.6), lwd=2, col="red") ## ## ## dx ## arrows(0.5, 0.32, 0.7, 0.32, code=3, length=0.15) ## text(0.6, 0.3, "dx") ## ## ## dy ## arrows(0.75, 0.35, 0.75, 0.6, code=3, length=0.15) ## text(0.77, 0.5, "dy") ## ## ## abs.angle ## ang <- atan2(0.25, 0.2) ## ang <- seq(0,ang, length=10) ## xa <- 0.05*cos(ang) + 0.5 ## ya <- 0.05*sin(ang) + 0.35 ## lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.35), lty=3, col="red") ## lines(xa, ya, col="red", lwd=2) ## text(0.56, 0.38, expression(alpha), col="red") ## ## ## rel.angle ## lines(c(0.3, 0.5),c(0.3, 0.35), col="blue", lwd=2) ## lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.4), lty=3, col="blue") ## ## ang1 <- atan2(0.25, 0.2) ## ang0 <- atan2(0.05, 0.2) ## ang <- ang0+seq(0, ang1-ang0, length=10) ## xa <- 0.1*cos(ang) + 0.5 ## ya <- 0.1*sin(ang) + 0.35 ## lines(xa, ya, col="blue", lwd=2) ## xa <- 0.107*cos(ang) + 0.5 ## ya <- 0.107*sin(ang) + 0.35 ## lines(xa, ya, col="blue", lwd=2) ## text(0.61, 0.43,expression(beta), col="blue") ## ## ## dist ## arrows(0.48, 0.37, 0.68, 0.62, code=3, length=0.1) ## text(0.53, 0.5, "dist, dt") ## ## ## R2n ## arrows(0.21, 0.5, 0.49, 0.35, col="darkgreen", code=3, length=0.1) ## text(0.35, 0.49, expression(R[n]^2)) ## ## ## The legend: ## text(0.2, 0.2, expression(paste(alpha, ": abs.angle")), col="red") ## text(0.2, 0.17, expression(paste(beta, ": rel.angle")), col="blue") ## ## ## x0, y0, t0 ## text(0.14, 0.5, expression(paste(x[0], ", ", y[0], ", ", t[0])), ## col="darkgreen") ## ## box() ################################################### ### code chunk number 8: adehabitatLT.Rnw:239-242 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) par(mar=c(0.1,0.1,0.1,0.1)) plot(c(0,1), c(0,1), ty="n", axes=FALSE) x <- c(0.2, 0.3, 0.5, 0.7, 0.4) y <- c(0.5, 0.3, 0.35, 0.6, 0.9) points(x,y, pch=16, cex=2) points(x[1],y[1], pch=16, col="green") lines(x,y, lty=1) arrows(0.4, 0.9, 0.1, 0.8, lty=2, length=0.1) lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.6), lwd=6) lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.6), lwd=2, col="red") ## dx arrows(0.5, 0.32, 0.7, 0.32, code=3, length=0.15) text(0.6, 0.3, "dx") ## dy arrows(0.75, 0.35, 0.75, 0.6, code=3, length=0.15) text(0.77, 0.5, "dy") ## abs.angle ang <- atan2(0.25, 0.2) ang <- seq(0,ang, length=10) xa <- 0.05*cos(ang) + 0.5 ya <- 0.05*sin(ang) + 0.35 lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.35), lty=3, col="red") lines(xa, ya, col="red", lwd=2) text(0.56, 0.38, expression(alpha), col="red") ## rel.angle lines(c(0.3, 0.5),c(0.3, 0.35), col="blue", lwd=2) lines(c(0.5, 0.7),c(0.35, 0.4), lty=3, col="blue") ang1 <- atan2(0.25, 0.2) ang0 <- atan2(0.05, 0.2) ang <- ang0+seq(0, ang1-ang0, length=10) xa <- 0.1*cos(ang) + 0.5 ya <- 0.1*sin(ang) + 0.35 lines(xa, ya, col="blue", lwd=2) xa <- 0.107*cos(ang) + 0.5 ya <- 0.107*sin(ang) + 0.35 lines(xa, ya, col="blue", lwd=2) text(0.61, 0.43,expression(beta), col="blue") ## dist arrows(0.48, 0.37, 0.68, 0.62, code=3, length=0.1) text(0.53, 0.5, "dist, dt") ## R2n arrows(0.21, 0.5, 0.49, 0.35, col="darkgreen", code=3, length=0.1) text(0.35, 0.49, expression(R[n]^2)) ## The legend: text(0.2, 0.2, expression(paste(alpha, ": abs.angle")), col="red") text(0.2, 0.17, expression(paste(beta, ": rel.angle")), col="blue") ## x0, y0, t0 text(0.14, 0.5, expression(paste(x[0], ", ", y[0], ", ", t[0])), col="darkgreen") box() dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 9: adehabitatLT.Rnw:291-295 ################################################### data(puechabonsp) locs <- puechabonsp$relocs locs <- as.data.frame(locs) head(locs) ################################################### ### code chunk number 10: adehabitatLT.Rnw:324-327 ################################################### da <- as.character(locs$Date) head(da) da <- as.POSIXct(strptime(as.character(locs$Date),"%y%m%d", tz="Europe/Paris")) ################################################### ### code chunk number 11: adehabitatLT.Rnw:333-335 ################################################### puech <- as.ltraj(xy = locs[,c("X","Y")], date = da, id = locs$Name) puech ################################################### ### code chunk number 12: adehabitatLT.Rnw:346-347 ################################################### head(puech[[1]]) ################################################### ### code chunk number 13: plottrajjj (eval = FALSE) ################################################### ## plot(puech) ################################################### ### code chunk number 14: adehabitatLT.Rnw:362-363 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(puech) ################################################### ### code chunk number 15: adehabitatLT.Rnw:367-370 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(puech) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 16: adehabitatLT.Rnw:403-404 ################################################### head(puech[[1]]) ################################################### ### code chunk number 17: adehabitatLT.Rnw:410-413 ################################################### puech2 <- puech puech2[[1]][2,1] <- 700146 head(puech2[[1]]) ################################################### ### code chunk number 18: adehabitatLT.Rnw:420-421 ################################################### head(rec(puech2)[[1]]) ################################################### ### code chunk number 19: adehabitatLT.Rnw:439-441 ################################################### puech2 <- ld(puech) head(puech2) ################################################### ### code chunk number 20: adehabitatLT.Rnw:449-450 ################################################### dl(puech2) ################################################### ### code chunk number 21: adehabitatLT.Rnw:466-467 ################################################### is.regular(puech) ################################################### ### code chunk number 22: plotdtltr (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(puech, "dt/3600/24") ################################################### ### code chunk number 23: adehabitatLT.Rnw:485-486 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(puech, "dt/3600/24") ################################################### ### code chunk number 24: adehabitatLT.Rnw:490-493 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(puech, "dt/3600/24") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 25: adehabitatLT.Rnw:504-507 ################################################### foo <- function(dt) { return(dt> (100*3600*24)) } ################################################### ### code chunk number 26: adehabitatLT.Rnw:515-517 ################################################### puech2 <- cutltraj(puech, "foo(dt)", nextr = TRUE) puech2 ################################################### ### code chunk number 27: adehabitatLT.Rnw:525-527 ################################################### burst(puech2)[3:4] <- c("Chou.1992", "Chou.1993") puech2 ################################################### ### code chunk number 28: adehabitatLT.Rnw:539-540 ################################################### puech2 ################################################### ### code chunk number 29: adehabitatLT.Rnw:547-549 ################################################### puech2b <- puech2[c(1,2,5)] puech2b ################################################### ### code chunk number 30: adehabitatLT.Rnw:555-557 ################################################### puech2c <- c(puech2b, puech2[4]) puech2c ################################################### ### code chunk number 31: adehabitatLT.Rnw:569-571 ################################################### bu <- which.ltraj(puech2, "dist>2000") bu ################################################### ### code chunk number 32: adehabitatLT.Rnw:578-579 ################################################### puech2[burst(puech2)%in%bu$burst] ################################################### ### code chunk number 33: plotltr2bu (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(puech2, "dt/3600/24") ################################################### ### code chunk number 34: adehabitatLT.Rnw:592-593 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(puech2, "dt/3600/24") ################################################### ### code chunk number 35: adehabitatLT.Rnw:597-600 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(puech2, "dt/3600/24") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 36: adehabitatLT.Rnw:610-612 ################################################### refda <- strptime("00:00", "%H:%M", tz="Europe/Paris") refda ################################################### ### code chunk number 37: adehabitatLT.Rnw:621-623 ################################################### puech3 <- setNA(puech2, refda, 1, units = "day") puech3 ################################################### ### code chunk number 38: adehabitatLT.Rnw:640-642 ################################################### data(ibexraw) ibexraw ################################################### ### code chunk number 39: plotibex (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(ibexraw, "dt/3600") ################################################### ### code chunk number 40: adehabitatLT.Rnw:652-653 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(ibexraw, "dt/3600") ################################################### ### code chunk number 41: adehabitatLT.Rnw:657-660 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(ibexraw, "dt/3600") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 42: adehabitatLT.Rnw:669-672 ################################################### refda <- strptime("2003-06-01 00:00", "%Y-%m-%d %H:%M", tz="Europe/Paris") ib2 <- setNA(ibexraw, refda, 4, units = "hour") ib2 ################################################### ### code chunk number 43: plotltrib2 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(ib2, "dt/3600") ################################################### ### code chunk number 44: adehabitatLT.Rnw:683-684 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(ib2, "dt/3600") ################################################### ### code chunk number 45: adehabitatLT.Rnw:688-691 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(ib2, "dt/3600") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 46: adehabitatLT.Rnw:699-701 ################################################### ib3 <- sett0(ib2, refda, 4, units = "hour") ib3 ################################################### ### code chunk number 47: adehabitatLT.Rnw:724-725 ################################################### is.sd(ib3) ################################################### ### code chunk number 48: adehabitatLT.Rnw:733-734 ################################################### ib3 ################################################### ### code chunk number 49: adehabitatLT.Rnw:744-748 ################################################### ib4 <- set.limits(ib3, begin = "2003-06-01 00:00", dur = 14, units = "day", pattern = "%Y-%m-%d %H:%M", tz="Europe/Paris") ib4 ################################################### ### code chunk number 50: adehabitatLT.Rnw:753-754 ################################################### is.sd(ib4) ################################################### ### code chunk number 51: adehabitatLT.Rnw:777-779 ################################################### di <- sd2df(ib4, "dist") head(di) ################################################### ### code chunk number 52: adehabitatLT.Rnw:802-804 ################################################### data(capreochiz) head(capreochiz) ################################################### ### code chunk number 53: adehabitatLT.Rnw:816-820 ################################################### capreo <- as.ltraj(xy = capreochiz[,c("x","y")], date = capreochiz$date, id = "Roe.Deer", infolocs = capreochiz[,4:8]) capreo ################################################### ### code chunk number 54: adehabitatLT.Rnw:827-829 ################################################### inf <- infolocs(capreo) head(inf[[1]]) ################################################### ### code chunk number 55: plotdop (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(capreo, "log(Dop)") ################################################### ### code chunk number 56: adehabitatLT.Rnw:857-858 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(capreo, "log(Dop)") ################################################### ### code chunk number 57: adehabitatLT.Rnw:862-865 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(capreo, "log(Dop)") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 58: NAtest (eval = FALSE) ################################################### ## runsNAltraj(ib4) ################################################### ### code chunk number 59: adehabitatLT.Rnw:898-899 (eval = FALSE) ################################################### ## runsNAltraj(ib4) ################################################### ### code chunk number 60: adehabitatLT.Rnw:904-907 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) runsNAltraj(ib4) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 61: adehabitatLT.Rnw:933-935 ################################################### data(bear) bear ################################################### ### code chunk number 62: runsNAbear (eval = FALSE) ################################################### ## runsNAltraj(bear) ################################################### ### code chunk number 63: adehabitatLT.Rnw:947-948 (eval = FALSE) ################################################### ## runsNAltraj(bear) ################################################### ### code chunk number 64: adehabitatLT.Rnw:952-955 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) runsNAltraj(bear) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 65: plotNAbear (eval = FALSE) ################################################### ## plotNAltraj(bear) ################################################### ### code chunk number 66: adehabitatLT.Rnw:966-967 (eval = FALSE) ################################################### ## plotNAltraj(bear) ################################################### ### code chunk number 67: adehabitatLT.Rnw:971-974 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotNAltraj(bear) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 68: adehabitatLT.Rnw:983-985 ################################################### missval <- as.numeric(is.na(bear[[1]]$x)) head(missval) ################################################### ### code chunk number 69: adehabitatLT.Rnw:1011-1013 ################################################### bearI <- typeII2typeI(bear) bearI ################################################### ### code chunk number 70: trajetours (eval = FALSE) ################################################### ## plot(bearI) ################################################### ### code chunk number 71: adehabitatLT.Rnw:1035-1036 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(bearI) ################################################### ### code chunk number 72: adehabitatLT.Rnw:1040-1043 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(bearI) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 73: adehabitatLT.Rnw:1050-1052 ################################################### bearIr <- redisltraj(bearI, 500) bearIr ################################################### ### code chunk number 74: plotltrajredisbear (eval = FALSE) ################################################### ## plot(bearIr) ################################################### ### code chunk number 75: adehabitatLT.Rnw:1062-1063 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(bearIr) ################################################### ### code chunk number 76: adehabitatLT.Rnw:1067-1070 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(bearIr) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 77: sliwinltr (eval = FALSE) ################################################### ## sliwinltr(bearIr, function(x) mean(cos(x$rel.angle)), type="locs", step=30) ################################################### ### code chunk number 78: adehabitatLT.Rnw:1083-1084 (eval = FALSE) ################################################### ## sliwinltr(bearIr, function(x) mean(cos(x$rel.angle)), type="locs", step=30) ################################################### ### code chunk number 79: adehabitatLT.Rnw:1088-1091 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) sliwinltr(bearIr, function(x) mean(cos(x$rel.angle)), type="locs", step=30) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 80: adehabitatLT.Rnw:1101-1103 ################################################### cosrelangle <- cos(bearIr[[1]]$rel.angle) head(cosrelangle) ################################################### ### code chunk number 81: adehabitatLT.Rnw:1133-1135 ################################################### data(porpoise) porpoise ################################################### ### code chunk number 82: adehabitatLT.Rnw:1145-1146 ################################################### (porpoise2 <- redisltraj(na.omit(porpoise[1:3]), 86400, type="time")) ################################################### ### code chunk number 83: adehabitatLT.Rnw:1163-1164 (eval = FALSE) ################################################### ## trajdyn(ib4) ################################################### ### code chunk number 84: adehabitatLT.Rnw:1202-1203 ################################################### wawotest(bear) ################################################### ### code chunk number 85: plotltrbeardist (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(bear, "dist") ################################################### ### code chunk number 86: adehabitatLT.Rnw:1218-1219 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(bear, "dist") ################################################### ### code chunk number 87: adehabitatLT.Rnw:1223-1226 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(bear, "dist") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 88: adehabitatLT.Rnw:1233-1235 (eval = FALSE) ################################################### ## sliwinltr(bear, function(x) mean(na.omit(x$dist)), ## 5*48, type="locs") ################################################### ### code chunk number 89: acfdistltra (eval = FALSE) ################################################### ## acfdist.ltraj(bear, lag=5, which="dist") ################################################### ### code chunk number 90: adehabitatLT.Rnw:1263-1264 (eval = FALSE) ################################################### ## acfdist.ltraj(bear, lag=5, which="dist") ################################################### ### code chunk number 91: adehabitatLT.Rnw:1268-1271 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) acfdist.ltraj(bear, lag=5, which="dist") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 92: critereangle (eval = FALSE) ################################################### ## opar <- par(mar = c(0,0,4,0)) ## plot(0,0, asp=1, xlim=c(-1, 1), ylim=c(-1, 1), ty="n", axes=FALSE, ## main="Criteria f for the measure of independence between successive ## angles at time i-1 and i") ## box() ## symbols(0,0,circle=1, inches=FALSE, lwd=2, add=TRUE) ## abline(h=0, v=0) ## x <- c( cos(pi/3), cos(pi/2 + pi/4)) ## y <- c( sin(pi/3), sin(pi/2 + pi/4)) ## arrows(c(0,0), c(0,0), x, y) ## lines(x,y, lwd=2, col="red") ## text(0, 0.9, expression(f^2 == 2*sum((1 - cos(alpha[i]-alpha[i-1])), ## i==1, n-1)), col="red") ## foo <- function(t, alpha) ## { ## xa <- sapply(seq(0, alpha, length=20), function(x) t*cos(x)) ## ya <- sapply(seq(0, alpha, length=20), function(x) t*sin(x)) ## lines(xa, ya) ## } ## foo(0.3, pi/3) ## foo(0.1, pi/2 + pi/4) ## foo(0.11, pi/2 + pi/4) ## text(0.34,0.18,expression(alpha[i]), cex=1.5) ## text(0.15,0.11,expression(alpha[i-1]), cex=1.5) ## par(opar) ################################################### ### code chunk number 93: adehabitatLT.Rnw:1317-1320 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) opar <- par(mar = c(0,0,4,0)) plot(0,0, asp=1, xlim=c(-1, 1), ylim=c(-1, 1), ty="n", axes=FALSE, main="Criteria f for the measure of independence between successive angles at time i-1 and i") box() symbols(0,0,circle=1, inches=FALSE, lwd=2, add=TRUE) abline(h=0, v=0) x <- c( cos(pi/3), cos(pi/2 + pi/4)) y <- c( sin(pi/3), sin(pi/2 + pi/4)) arrows(c(0,0), c(0,0), x, y) lines(x,y, lwd=2, col="red") text(0, 0.9, expression(f^2 == 2*sum((1 - cos(alpha[i]-alpha[i-1])), i==1, n-1)), col="red") foo <- function(t, alpha) { xa <- sapply(seq(0, alpha, length=20), function(x) t*cos(x)) ya <- sapply(seq(0, alpha, length=20), function(x) t*sin(x)) lines(xa, ya) } foo(0.3, pi/3) foo(0.1, pi/2 + pi/4) foo(0.11, pi/2 + pi/4) text(0.34,0.18,expression(alpha[i]), cex=1.5) text(0.15,0.11,expression(alpha[i-1]), cex=1.5) par(opar) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 94: adehabitatLT.Rnw:1329-1330 ################################################### testang.ltraj(bear, "relative") ################################################### ### code chunk number 95: acfangbear (eval = FALSE) ################################################### ## acfang.ltraj(bear, lag=5) ################################################### ### code chunk number 96: adehabitatLT.Rnw:1344-1345 (eval = FALSE) ################################################### ## acfang.ltraj(bear, lag=5) ################################################### ### code chunk number 97: adehabitatLT.Rnw:1349-1352 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) acfang.ltraj(bear, lag=5) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 98: adehabitatLT.Rnw:1379-1382 ################################################### data(porpoise) gus <- porpoise[1] gus ################################################### ### code chunk number 99: pltgus (eval = FALSE) ################################################### ## plot(gus) ################################################### ### code chunk number 100: adehabitatLT.Rnw:1392-1393 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(gus) ################################################### ### code chunk number 101: adehabitatLT.Rnw:1397-1400 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(gus) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 102: acfgus (eval = FALSE) ################################################### ## acfdist.ltraj(gus, "dist", lag=20) ################################################### ### code chunk number 103: adehabitatLT.Rnw:1417-1418 (eval = FALSE) ################################################### ## acfdist.ltraj(gus, "dist", lag=20) ################################################### ### code chunk number 104: adehabitatLT.Rnw:1422-1425 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) acfdist.ltraj(gus, "dist", lag=20) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 105: plodisgus (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(gus, "dist") ################################################### ### code chunk number 106: adehabitatLT.Rnw:1437-1438 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(gus, "dist") ################################################### ### code chunk number 107: adehabitatLT.Rnw:1442-1445 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(gus, "dist") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 108: adehabitatLT.Rnw:1455-1456 ################################################### (tested.means <- round(seq(0, 130000, length = 10), 0)) ################################################### ### code chunk number 109: adehabitatLT.Rnw:1464-1467 ################################################### (limod <- as.list(paste("dnorm(dist, mean =", tested.means, ", sd = 5000)"))) ################################################### ### code chunk number 110: adehabitatLT.Rnw:1483-1485 ################################################### mod <- modpartltraj(gus, limod) mod ################################################### ### code chunk number 111: bpmgus (eval = FALSE) ################################################### ## bestpartmod(mod) ################################################### ### code chunk number 112: adehabitatLT.Rnw:1497-1498 (eval = FALSE) ################################################### ## bestpartmod(mod) ################################################### ### code chunk number 113: adehabitatLT.Rnw:1502-1505 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) bestpartmod(mod) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 114: adehabitatLT.Rnw:1543-1544 ################################################### (pm <- partmod.ltraj(gus, 4, mod)) ################################################### ### code chunk number 115: plotpartitiongus (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pm) ################################################### ### code chunk number 116: adehabitatLT.Rnw:1554-1555 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pm) ################################################### ### code chunk number 117: adehabitatLT.Rnw:1559-1562 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(pm) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 118: plotpartltr (eval = FALSE) ################################################### ## ## Shows the segmentation on the distances: ## plotltr(gus, "dist") ## tmp <- lapply(1:length(pm$ltraj), function(i) { ## coul <- c("red","green","blue")[as.numeric(factor(pm$stats$mod))[i]] ## lines(pm$ltraj[[i]]$date, rep(tested.means[pm$stats$mod[i]], ## nrow(pm$ltraj[[i]])), ## col=coul, lwd=2) ## }) ################################################### ### code chunk number 119: adehabitatLT.Rnw:1587-1588 (eval = FALSE) ################################################### ## ## Shows the segmentation on the distances: ## plotltr(gus, "dist") ## tmp <- lapply(1:length(pm$ltraj), function(i) { ## coul <- c("red","green","blue")[as.numeric(factor(pm$stats$mod))[i]] ## lines(pm$ltraj[[i]]$date, rep(tested.means[pm$stats$mod[i]], ## nrow(pm$ltraj[[i]])), ## col=coul, lwd=2) ## }) ################################################### ### code chunk number 120: adehabitatLT.Rnw:1592-1595 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) ## Shows the segmentation on the distances: plotltr(gus, "dist") tmp <- lapply(1:length(pm$ltraj), function(i) { coul <- c("red","green","blue")[as.numeric(factor(pm$stats$mod))[i]] lines(pm$ltraj[[i]]$date, rep(tested.means[pm$stats$mod[i]], nrow(pm$ltraj[[i]])), col=coul, lwd=2) }) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 121: plotrespart (eval = FALSE) ################################################### ## ## Computes the residuals ## res <- unlist(lapply(1:length(pm$ltraj), function(i) { ## pm$ltraj[[i]]$dist - rep(tested.means[pm$stats$mod[i]], ## nrow(pm$ltraj[[i]])) ## })) ## plot(res, ty = "l") ################################################### ### code chunk number 122: adehabitatLT.Rnw:1613-1614 (eval = FALSE) ################################################### ## ## Computes the residuals ## res <- unlist(lapply(1:length(pm$ltraj), function(i) { ## pm$ltraj[[i]]$dist - rep(tested.means[pm$stats$mod[i]], ## nrow(pm$ltraj[[i]])) ## })) ## plot(res, ty = "l") ################################################### ### code chunk number 123: adehabitatLT.Rnw:1618-1621 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) ## Computes the residuals res <- unlist(lapply(1:length(pm$ltraj), function(i) { pm$ltraj[[i]]$dist - rep(tested.means[pm$stats$mod[i]], nrow(pm$ltraj[[i]])) })) plot(res, ty = "l") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 124: adehabitatLT.Rnw:1628-1629 ################################################### wawotest(res) ################################################### ### code chunk number 125: adehabitatLT.Rnw:1734-1757 ################################################### par(mar=c(0,0,0,0)) plot(c(0,1), xlim=c(-0.3,1.3), ylim=c(-0.3,1.3), axes=FALSE) ii <- seq(0.05, 0.95, by=0.1) tmp <- lapply(ii, function(i) { lapply(ii, function(j) { if (j-(1-i)> -0.01) { polygon(c(i-0.05, i+0.05, i+0.05, i-0.05), c(j-0.05, j-0.05, j+0.05, j+0.05), col="grey") } else { polygon(c(i-0.05, i+0.05, i+0.05, i-0.05), c(j-0.05, j-0.05, j+0.05, j+0.05)) } })}) polygon(c(0,1,1,0), c(0,0,1,1), lwd=2) text(rep(-0.05,10), ii, 10:1) text(ii, rep(1.05,10), 1:10) i <- 0.65 j <- 0.85 polygon(c(i-0.05, i+0.05, i+0.05, i-0.05), c(j-0.05, j-0.05, j+0.05, j+0.05), col="red") segments(0.4, 1.18, i, j) points(i,j, pch=16) text(0.4, 1.25, "Contrast function measured on the segment\n beginning at observation 2 and ending at observation 7") ################################################### ### code chunk number 126: adehabitatLT.Rnw:1765-1785 ################################################### par(mar=c(0,0,0,0)) plot(c(0,1), xlim=c(-0.3,1.3), ylim=c(-0.3,1.3), axes=FALSE) ii <- seq(0.05, 0.95, by=0.1) tmp <- lapply(ii, function(i) { lapply(ii, function(j) { if (j-(1-i)> -0.01) { polygon(c(i-0.05, i+0.05, i+0.05, i-0.05), c(j-0.05, j-0.05, j+0.05, j+0.05), col="grey") } else { polygon(c(i-0.05, i+0.05, i+0.05, i-0.05), c(j-0.05, j-0.05, j+0.05, j+0.05)) } })}) polygon(c(0,1,1,0), c(0,0,1,1), lwd=2) text(rep(-0.05,10), ii, 10:1) text(ii, rep(1.05,10), 1:10) lines(c(0.00, 0.45, 0.50, 0.75, 0.80, 0.95), c(0.95, 0.95, 0.45, 0.45, 0.15, 0.15), col="red", lwd=3) points(c(0.45, 0.75, 0.95), c(0.95, 0.45, 0.15), pch=16, cex=2) ################################################### ### code chunk number 127: figseri1 (eval = FALSE) ################################################### ## suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) ## set.seed(129) ## seri <- c(rnorm(100), rnorm(100, mean=2), ## rnorm(100), rnorm(100, mean=-3), ## rnorm(100), rnorm(100, mean=2)) ## plot(seri, ty="l", xlab="time", ylab="Series") ################################################### ### code chunk number 128: adehabitatLT.Rnw:1861-1862 (eval = FALSE) ################################################### ## suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) ## set.seed(129) ## seri <- c(rnorm(100), rnorm(100, mean=2), ## rnorm(100), rnorm(100, mean=-3), ## rnorm(100), rnorm(100, mean=2)) ## plot(seri, ty="l", xlab="time", ylab="Series") ################################################### ### code chunk number 129: adehabitatLT.Rnw:1866-1869 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) set.seed(129) seri <- c(rnorm(100), rnorm(100, mean=2), rnorm(100), rnorm(100, mean=-3), rnorm(100), rnorm(100, mean=2)) plot(seri, ty="l", xlab="time", ylab="Series") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 130: adehabitatLT.Rnw:1878-1879 ################################################### (l <- lavielle(seri, Lmin=10, Kmax=20, type="mean")) ################################################### ### code chunk number 131: adehabitatLT.Rnw:1890-1891 ################################################### chooseseg(l) ################################################### ### code chunk number 132: figchoose1 (eval = FALSE) ################################################### ## fp <- findpath(l, 6) ################################################### ### code chunk number 133: adehabitatLT.Rnw:1910-1911 (eval = FALSE) ################################################### ## fp <- findpath(l, 6) ################################################### ### code chunk number 134: adehabitatLT.Rnw:1915-1918 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) fp <- findpath(l, 6) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 135: adehabitatLT.Rnw:1926-1927 ################################################### fp ################################################### ### code chunk number 136: adehabitatLT.Rnw:1939-1940 ################################################### plotltr(gus, "dist") ################################################### ### code chunk number 137: adehabitatLT.Rnw:1950-1952 ################################################### lav <- lavielle(gus, Lmin=2, Kmax=20) chooseseg(lav) ################################################### ### code chunk number 138: adehabitatLT.Rnw:1959-1961 ################################################### kk <- findpath(lav, 4) kk ################################################### ### code chunk number 139: adehabitatLT.Rnw:1968-1969 ################################################### plot(kk) ################################################### ### code chunk number 140: imagerast1 (eval = FALSE) ################################################### ## data(puechcirc) ## data(puechabonsp) ## mimage(puechabonsp$map) ################################################### ### code chunk number 141: adehabitatLT.Rnw:2020-2021 (eval = FALSE) ################################################### ## data(puechcirc) ## data(puechabonsp) ## mimage(puechabonsp$map) ################################################### ### code chunk number 142: adehabitatLT.Rnw:2025-2028 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) data(puechcirc) data(puechabonsp) mimage(puechabonsp$map) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 143: adehabitatLT.Rnw:2034-2035 ################################################### ii <- rasterize.ltraj(puechcirc, puechabonsp$map) ################################################### ### code chunk number 144: adehabitatLT.Rnw:2042-2044 ################################################### tr1 <- ii[[1]] head(tr1) ################################################### ### code chunk number 145: ksdfjk (eval = FALSE) ################################################### ## plot(tr1) ## points(tr1[tr1[[1]]==3,], col="red") ################################################### ### code chunk number 146: adehabitatLT.Rnw:2056-2057 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(tr1) ## points(tr1[tr1[[1]]==3,], col="red") ################################################### ### code chunk number 147: adehabitatLT.Rnw:2061-2064 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(tr1) points(tr1[tr1[[1]]==3,], col="red") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 148: jklmmre (eval = FALSE) ################################################### ## ov <- over(tr1, puechabonsp$map) ## mo <- tapply(ov[[1]], tr1[[1]], mean) ## plot(mo, ty="l") ################################################### ### code chunk number 149: adehabitatLT.Rnw:2080-2081 (eval = FALSE) ################################################### ## ov <- over(tr1, puechabonsp$map) ## mo <- tapply(ov[[1]], tr1[[1]], mean) ## plot(mo, ty="l") ################################################### ### code chunk number 150: adehabitatLT.Rnw:2085-2088 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) ov <- over(tr1, puechabonsp$map) mo <- tapply(ov[[1]], tr1[[1]], mean) plot(mo, ty="l") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 151: adehabitatLT.Rnw:2101-2127 ################################################### val <- lapply(1:length(ii), function(i) { ## get the rasterized trajectory tr <- ii[[i]] ## over with the map ov <- over(tr, puechabonsp$map) ## calculate the mean elevation mo <- tapply(ov[[1]], tr[[1]], mean) ## prepare the output elev <- rep(NA, nrow(puechcirc[[i]])) ## place the average values at the right place ## names(mo) contains the step number (i.e. relocation ## number +1) elev[as.numeric(names(mo))+1] <- mo df <- data.frame(elevation = elev) ## same row.names as in the ltraj row.names(df) <- row.names(puechcirc[[i]]) return(df) }) ################################################### ### code chunk number 152: adehabitatLT.Rnw:2132-2133 ################################################### infolocs(puechcirc) <- val ################################################### ### code chunk number 153: ksdfjeiii (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(puechcirc, "elevation") ################################################### ### code chunk number 154: adehabitatLT.Rnw:2143-2144 (eval = FALSE) ################################################### ## plotltr(puechcirc, "elevation") ################################################### ### code chunk number 155: adehabitatLT.Rnw:2148-2151 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plotltr(puechcirc, "elevation") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 156: adehabitatLT.Rnw:2192-2194 ################################################### sim <- simm.crw(1:1000, r=0.95) sim ################################################### ### code chunk number 157: plotcrwsim (eval = FALSE) ################################################### ## plot(sim, addp=FALSE) ################################################### ### code chunk number 158: adehabitatLT.Rnw:2207-2208 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(sim, addp=FALSE) ################################################### ### code chunk number 159: adehabitatLT.Rnw:2212-2215 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(sim, addp=FALSE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 160: figoriboar (eval = FALSE) ################################################### ## data(puechcirc) ## data(puechabonsp) ## boar1 <- puechcirc[1] ## xo <- coordinates(puechabonsp$map) ## ## Note that xo is a matrix containing the coordinates of the ## ## pixels of the elevation map (we will use it later to define ## ## the limits of the study area). ## ## plot(boar1, spixdf=puechabonsp$map, xlim=range(xo[,1]), ylim=range(xo[,2])) ################################################### ### code chunk number 161: adehabitatLT.Rnw:2275-2276 (eval = FALSE) ################################################### ## data(puechcirc) ## data(puechabonsp) ## boar1 <- puechcirc[1] ## xo <- coordinates(puechabonsp$map) ## ## Note that xo is a matrix containing the coordinates of the ## ## pixels of the elevation map (we will use it later to define ## ## the limits of the study area). ## ## plot(boar1, spixdf=puechabonsp$map, xlim=range(xo[,1]), ylim=range(xo[,2])) ################################################### ### code chunk number 162: adehabitatLT.Rnw:2280-2283 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) data(puechcirc) data(puechabonsp) boar1 <- puechcirc[1] xo <- coordinates(puechabonsp$map) ## Note that xo is a matrix containing the coordinates of the ## pixels of the elevation map (we will use it later to define ## the limits of the study area). plot(boar1, spixdf=puechabonsp$map, xlim=range(xo[,1]), ylim=range(xo[,2])) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 163: adehabitatLT.Rnw:2364-2371 ################################################### plotfun <- function(x, par) { image(par) points(x[,1:2], pch=16) lines(x[,1:2]) return(x) } ################################################### ### code chunk number 164: adehabitatLT.Rnw:2379-2384 ################################################### nmo <- NMs.randomShiftRotation(na.omit(boar1), rshift = TRUE, rrot = TRUE, rx = range(xo[,1]), ry = range(xo[,2]), treatment.func = plotfun, treatment.par = puechabonsp$map[,1], nrep=9) nmo ################################################### ### code chunk number 165: figtestNM (eval = FALSE) ################################################### ## suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) ## set.seed(90909) ## par(mfrow=c(3,3), mar=c(0,0,0,0)) ## resu <- testNM(nmo, count = FALSE) ################################################### ### code chunk number 166: adehabitatLT.Rnw:2406-2407 (eval = FALSE) ################################################### ## suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) ## set.seed(90909) ## par(mfrow=c(3,3), mar=c(0,0,0,0)) ## resu <- testNM(nmo, count = FALSE) ################################################### ### code chunk number 167: adehabitatLT.Rnw:2411-2414 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) set.seed(90909) par(mfrow=c(3,3), mar=c(0,0,0,0)) resu <- testNM(nmo, count = FALSE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 168: adehabitatLT.Rnw:2435-2446 ################################################### confun <- function(x, par) { ## Define a SpatialPointsDataFrame from the trajectory coordinates(x) <- x[,1:2] ## overlap the relocations x to the elevation map par jo <- join(x, par) ## checks that there are no missing value res <- all(!is.na(jo)) ## return this check return(res) } ################################################### ### code chunk number 169: adehabitatLT.Rnw:2452-2459 ################################################### nmo2 <- NMs.randomShiftRotation(na.omit(boar1), rshift = TRUE, rrot = TRUE, rx = range(xo[,1]), ry = range(xo[,2]), treatment.func = plotfun, treatment.par = puechabonsp$map[,1], constraint.func = confun, constraint.par = puechabonsp$map[,1], nrep=9) ################################################### ### code chunk number 170: figtestnm2 (eval = FALSE) ################################################### ## suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) ## set.seed(90909) ## par(mfrow=c(3,3), mar=c(0,0,0,0)) ## resu <- testNM(nmo2, count = FALSE) ################################################### ### code chunk number 171: adehabitatLT.Rnw:2472-2473 (eval = FALSE) ################################################### ## suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) ## set.seed(90909) ## par(mfrow=c(3,3), mar=c(0,0,0,0)) ## resu <- testNM(nmo2, count = FALSE) ################################################### ### code chunk number 172: adehabitatLT.Rnw:2477-2480 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) set.seed(90909) par(mfrow=c(3,3), mar=c(0,0,0,0)) resu <- testNM(nmo2, count = FALSE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=10cm,width=10cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 173: adehabitatLT.Rnw:2494-2500 ################################################### varel <- function(x, par) { coordinates(x) <- x[,1:2] jo <- join(x, par) return(var(jo)) } ################################################### ### code chunk number 174: adehabitatLT.Rnw:2509-2516 ################################################### nmo3 <- NMs.randomShiftRotation(na.omit(boar1), rshift = TRUE, rrot = TRUE, rx = range(xo[,1]), ry = range(xo[,2]), treatment.func = varel, treatment.par = puechabonsp$map[,1], constraint.func = confun, constraint.par = puechabonsp$map[,1], nrep=99) ################################################### ### code chunk number 175: adehabitatLT.Rnw:2523-2524 (eval = FALSE) ################################################### ## sim <- testNM(nmo3, count=FALSE) ################################################### ### code chunk number 176: adehabitatLT.Rnw:2527-2528 ################################################### load("sim.Rdata") ################################################### ### code chunk number 177: adehabitatLT.Rnw:2533-2534 ################################################### (obs <- varel(na.omit(boar1)[[1]], puechabonsp$map[,1])) ################################################### ### code chunk number 178: adehabitatLT.Rnw:2541-2543 ################################################### (ran <- as.randtest(unlist(sim[[1]]), obs)) plot(ran) ################################################### ### code chunk number 179: adehabitatLT.Rnw:2555-2557 ################################################### puechcirc plot(puechcirc) ################################################### ### code chunk number 180: adehabitatLT.Rnw:2564-2565 ################################################### (boar <- bindltraj(puechcirc)) ################################################### ### code chunk number 181: adehabitatLT.Rnw:2575-2582 ################################################### nmo4 <- NMs.randomShiftRotation(na.omit(boar), rshift = TRUE, rrot = TRUE, rx = range(xo[,1]), ry = range(xo[,2]), treatment.func = varel, treatment.par = puechabonsp$map[,1], constraint.func = confun, constraint.par = puechabonsp$map[,1], nrep=99) ################################################### ### code chunk number 182: adehabitatLT.Rnw:2587-2588 (eval = FALSE) ################################################### ## sim2 <- testNM(nmo4, count=FALSE) ################################################### ### code chunk number 183: adehabitatLT.Rnw:2591-2592 ################################################### load("sim2.Rdata") ################################################### ### code chunk number 184: adehabitatLT.Rnw:2601-2604 ################################################### (obs <- lapply(na.omit(boar), function(x) { varel(x, puechabonsp$map[,1]) })) ################################################### ### code chunk number 185: adehabitatLT.Rnw:2609-2612 ################################################### lapply(1:2, function(i) { as.randtest(unlist(sim2[[i]]), obs[[i]]) }) ################################################### ### code chunk number 186: adehabitatLT.Rnw:2659-2668 ################################################### meanvarel <- function(x, par) { livar <- lapply(x, function(y) { coordinates(y) <- y[,1:2] jo <- join(y, par) return(var(jo)) }) mean(unlist(livar)) } ################################################### ### code chunk number 187: adehabitatLT.Rnw:2675-2677 ################################################### nmo5 <- NMs2NMm(nmo4, treatment.func = meanvarel, treatment.par = puechabonsp$map, nrep = 99) ################################################### ### code chunk number 188: adehabitatLT.Rnw:2686-2687 (eval = FALSE) ################################################### ## sim3 <- testNM(nmo5, count=FALSE) ################################################### ### code chunk number 189: adehabitatLT.Rnw:2690-2691 ################################################### load("sim3.Rdata") ################################################### ### code chunk number 190: adehabitatLT.Rnw:2701-2702 ################################################### (obs <- meanvarel(na.omit(boar), puechabonsp$map)) ################################################### ### code chunk number 191: adehabitatLT.Rnw:2708-2710 ################################################### (ran <- as.randtest(unlist(sim3), obs)) plot(ran)