Het juist configureren van XFree86 voor gebruik van je muis, toetsenbord, monitor en videokaart was voorheen iets dat behoorde tot de zwarte magie, omdat je met de hand een complex configuratiebestand aan moest passen. Dit is niet meer zo; recente releases hebben ervoor gezorgd dat het proces vrij eenvoudig werd. Het is aanmerkelijk vereenvoudigd doordat er niet langer aparte servers voor de verschillende soorten kaarten nodig zijn, maar in plaats daarvan slechts modules die door een algemene server worden geladen. Het enige dat je hoeft te doen is het setupprogramma XF86Setup op te starten om het te configureren.
Als je X activeert bij het installeren van een Linux distributie, zal het distributie installatiescript een paar vragen stellen die nodig zijn voor het configureren van X. In andere gevallen hoef je alleen de opdracht XFree86 -configure maar op te geven.
Beide methoden rekenen op het feit dat alle nieuwe PC hardware met monitoren worden geleverd die X kunnen vertellen wat hun mogelijkheden zijn. Wanneer in deze modus aangeroepen, ondervraagt X de hardware en polst het ook op de aanwezigheid van een muis en toetsenbord. Het schrijft dan een configuratiebestand weg welke bij het later uitvoeren van X wordt gebruikt.
Iets om in de gaten te houden is, dat, als je zoals de meeste mensen een gewone pc gebruikt, je toetsenbord een, zoals XF86Setup noemt, `Generic 102-key PC (intl) is, in plaats van de standaard `Generic 101-key PC'. Als je kiest voor de standaard (101) dan kan het zijn dat het blok geheel rechts op je toetsenbord (numerieke toetsenbord en dergelijke) het straks niet meer doen.