Je hebt nu een compleet gecomprimeerd rootbestandssysteem. De volgende stap bestaat uit het samenstellen of uitkiezen van een kernel. In de meeste gevallen is het mogelijk je huidige kernel te kopiëren en daarmee vanaf diskette te booten. Er kunnen echter situaties zijn dat je een aparte kernel wenst te bouwen.
Één reden is de omvang. Als je een enkele boot-/rootdiskette aan het bouwen ben, zal de kernel één van de grootste bestanden op de diskette zijn, dus zal je de grootte van de kernel zoveel mogelijk willen beperken. Bouw het met een minimumset aan faciliteiten die nodig is om het gewenste systeem te ondersteunen. Dit betekent alles achterwege laten wat je niet nodig hebt. Netwerkondersteuning is prima achterwege te laten, als ook de ondersteuning voor eventuele diskettestations en andere drivers voor apparaten die je niet nodig hebt als je je boot-/rootsysteem draait. Zoals eerder uiteengezet, moet de ondersteuning voor de ramdisk en ext2 in je kernel zijn ingebouwd.
Je zal uit moeten werken wat erin terug te plaatsen als je een minimum set faciliteiten hebt uitgewerkt om in een kernel op te nemen. Waarschijnlijk het meest algemene gebruik voor een boot-/rootdiskette zou zijn een systeem voor het bestuderen en herstellen van een beschadigd rootbestandssysteem, en hiervoor heb je wellicht kernelondersteuning nodig. Als bijvoorbeeld je backups allen op tape worden bewaard door gebruik te maken van Ftape om je tapedrive te benaderen, dan zal het niet mogelijk zijn vanaf je backuptapes een herstelprocedure uit te voeren als je je huidige rootdrive en drives met Ftape kwijtraakt. Je zal Linux opnieuw moeten installeren, en ftape moeten downloaden en installeren om vervolgens je backups opnieuw in proberen te lezen.
Waar het hierom gaat is dat welke I/O ondersteuning je ook aan je kernel hebt toegevoegd voor de ondersteuning van backups, dit ook in je boot/root kernel moet worden toegevoegd.
De procedure voor het werkelijk bouwen van de kernel is beschreven in de documentatie die met de kernel wordt geleverd. Het is tamelijk eenvoudig te volgen, dus begin door het kijken in /usr/src/linux. Als je bij het bouwen van een kernel problemen ondervindt, zou je eigenlijk niet moeten proberen boot/root systemen te bouwen. Denk eraan de kernel met ``make zImage'' te comprimeren.