Het probleem is dat alle geïnstalleerde Besturingssystemen de disks moeten delen en bij de start kan de bios alleen de eerste scannen, er moet een zogeheten "partitietabel" zijn aan het allereerste begin van deze disk. Deze partitietabel is te vinden in de Master Boot Record (MBR) naast de bootloader.
Enig onjuist gebruik van de MBR door één van de OS'sen leidt tot problemen. Bij het trachten te installeren van enig systeem, een ja antwoord op een vraag als "automatische partitionering?" zal zeer waarschijnlijk problemen opleveren... Dit geldt vooral met windows, vooral bij een aangepaste windows installatie die door speciaal gefabriceerde PC's worden uitgevoerd. (wanneer er geen echte "windows" cd is ingesloten). Maar gebeurt tevens bij nieuwe "slimme" (niet zo slimme!) Linux installatie programma's die met de meeste recente distributies worden meegegeven.