Afhankelijk van de http server waarop PHP staat zijn er diverse manieren om php code op te nemen in je bestanden. In de meeste gevallen zullen de bestanden een aparte extensie hebben. Dit kan afhankelijk van de PHP versie variëren in o.a. phtml, php3 en php.
De code kan op elke willekeurige plek in een bestand worden opgenomen. Dit doe je d.m.v. openings en sluit tags:
<?php
/*
Hiertussen kan je de php code opnemen.
*/
?>
Het is gebruikelijk om commentaar regels op te nemen in de C programmeer style. Normaal gesproken neem je geen code op in een document als het onzinnig is om het door php te laten parsen. Dit doe je dan gewoon in html.
Het is mogelijk om bestanden te includen. Dit is vooral handig als je code schrijft die je in meerdere bestanden wilt aanroepen. Op die manier kan je de code overzichtelijk houden. Je kan hiervoor het include of het require commando gebruiken. Het grote verschil tussen deze twee commando's zit hem hierin dat het include commando waarden kan teruggeven. Om een bestand te includen ga je als volgt te werk:
<?php
include ("/path/bestand.php");
?>
Je kan in de php.ini een default plek aangeven voor bestanden die je wilt includen zodat je alleen de bestandsnaam hoeft aan te roepen. Je kan ze natuurlijk ook op een logische plek op de webserver neerzetten. Zorg in dat laatste geval wel dat je de bestanden een extensie geeft die wordt geparsed door de PHP interpreter zodat mensen niet de inhoud van die bestanden kunnen lezen. Ook is het verstandig om een disallow op te nemen voor zo'n directory in je robots.txt zodat de bestanden niet worden geïndexeerd door zoekmachines.